Milhorim foi titular absoluto do Santo André, participando de todos os 16 jogos disputados pelo time na atual edição da Série A2. Durante essa campanha, ele marcou um gol e se consolidou como uma peça fundamental no setor defensivo da equipe. Seu excelente desempenho despertou o interesse do Botafogo-SP, que decidiu contratá-lo para reforçar a defesa na Série B.
Além de sua passagem pelo Santo André, Milhorim teve experiências em outras equipes, como Grêmio Prudente, Cascavel, Ska Brasil-SP, Taquaritinga, Novorizontino e Ararat Yerevan, da Armênia. No início de sua carreira, o defensor também passou pelas categorias de base de Noroeste, Palmeiras e Bahia, o que contribuiu para sua formação no futebol profissional.
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Com o objetivo de se fortalecer para a Série B, o Botafogo-SP já iniciou a montagem do elenco com algumas contratações importantes. Além de Rafael Milhorim, o clube trouxe os atacantes Matheus Régis e Jefferson Nem, e o zagueiro Carlão, ex-Inter de Limeira. Também está prevista a chegada do volante Wesley Dias, ex-Água Santa. O clube segue em busca de mais reforços, com foco em contratar um centroavante antes do início da competição, previsto para abril.