Pelo segundo ano consecutivo, o São José foi eliminado nas quartas de final da Série A2 do Campeonato Paulista. A Águia perdeu para o Taubaté por 1 a 0 na última quarta-feira (19), no estádio Joaquim de Moraes Filho, e deu adeus à competição. No primeiro jogo, em São José dos Campos, as equipes haviam empatado sem gols.
Com a eliminação, o clube adia novamente o sonho de retornar à elite estadual, onde não disputa uma edição desde 1999. O último acesso para a Série A1 ocorreu em 1997, e, com isso, o São José completará 26 anos longe da primeira divisão paulista.
Nesse período, quatro anos após sua última participação na elite, o time foi rebaixado para a Série A3, em 2004. Em 2006, conseguiu o vice-campeonato da terceira divisão e retornou à Série A2, onde permaneceu até 2014, quando voltou a ser rebaixado.
A queda não parou por aí. Entre 2017 e 2020, o São José disputou da Segunda Divisão estadual, a popular “Bezinha”, na época equivalente ao quarto escalão estadual. O retorno à Série A3 veio apenas em 2020, com o título da quarta divisão.
Três anos depois, o clube viveu uma temporada de reconstrução. Em 2023, chegou às finais da Série A3, ficando com o vice-campeonato contra o Capivariano. No mesmo ano, disputou a final da Copa Paulista, mas novamente perdeu o título, dessa vez para a Portuguesa Santista.
No retorno à Série A2, em 2024, a equipe fez uma boa campanha na primeira fase e terminou como vice-líder. No entanto, caiu nas quartas de final para o Velo Clube, com duas derrotas por 2 a 1. O adversário acabou se tornando campeão daquela edição.
Neste ano, a eliminação voltou a acontecer na primeira fase do mata-mata, desta vez para o maior rival. Apesar do revés na Série A2, o São José ainda terá a chance de buscar um título na temporada. No segundo semestre, a equipe pode disputar a Copa Paulista.
