Após especulações de que não disputaria a Série A4 do Campeonato Paulista em 2025, a Matonense anunciou que não passavam de falsos rumores e confirmou sua presença no torneio. A decisão foi contra a expectativa do Araçatuba, que sonhava em herdar a vaga caso o time de Matão desistisse dela.
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Em 2024, a Matonense recebeu punição severa da FPF por suspeita de manipulação de resultados, mais precisamente na derrota por 5 a 2 contra o União Suzano. Por conta disso, além da campanha já muito abaixo da média, a SEMA perdeu os últimos quatro jogos da divisão por W.O. Lemense, União São João, Grêmio Prudente e Rio Preto venceram as partidas automaticamente por 3 a 0.
O clube somou apenas um ponto na A3 em 15 jogos, com saldo de gols negativo de 38. Por conta da situação, muitos não sabiam se a equipe voltaria a atividade no Campeonato Paulista no ano que vem. Caso o desfecho fosse a não participação na A4, a AE Araçatuba entraria em seu lugar, já que teve a melhor campanha entre os times do Paulista Sub-23 Segunda Divisão que não conquistaram o acesso. O Canário segue na Bezinha.