Em 29 de outubro de 1980, o São José Esporte Clube foi campeão da Série A2 e conquistou pela primeira vez o acesso para a Primeira Divisão do Campeonato Paulista, que disputou em 1981, ao mesmo tempo que jogou o Campeonato Brasileiro da Série A, marcando o período de auge do clube. O time que ficou conhecido como “O Glorioso Esquadrão” é lembrado até hoje pelos torcedores e é celebrado nesta data, mesmo depois de tantos anos.
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A escalação da goleada por 4 a 0 contra a Catanduvense foi:
Tonho, Darci, Válter Passarinho, Ademir Gonçalves e Nelsinho; Ademir Melo, Tata e Esquerdinha; Edinho (China, 41 do 2°), Tião Marino (Baitaca, 31 do 1°) e Nenê. Técnico: Henrique Passos.
Tião Marino, grande ídolo do Águia, marcou aos 11 e 14 minutos do 1° Tempo; Baitaca ampliou aos 29 da segunda etapa e Edinho fechou o jogo aos 38′. Quase 16 mil pessoas foram ao Pacaembu para ver o show do time do Vale do Parnaíba, que marcou época nos anos de 1980.
Ainda naquela década, em 1989, o time chegou na final do paulista e do Brasileirão Série B no mesmo ano, mas perdeu ambas as partidas, batendo na trave daqueles que seriam os seus maiores títulos.
Em 2025, o São José segue a sua tentativa de retorno à elite do futebol estadual, como um dos favoritos na Série A2 do Paulistão. Na edição deste ano do torneio, a equipe fez uma ótima campanha de primeira fase, com a 2ª melhor pontuação, mas caiu perante o eventual campeão Velo Clube nas quartas de final. No segundo semestre, o time disputou a Série D e amargou a 7ª colocação entre os 8 clubes do Grupo G.
A instituição já anunciou a comissão técnica para o ano que vem, com Moacir Júnior e o auxiliar Caé Souza, mas ainda deve fazer muitas mudanças no elenco que jogou o Brasileirão.