O volante Zé Rafael enfrentou problemas crônicos na coluna durante a temporada de 2024, o que o afastou de algumas partidas do Palmeiras. Para começar 2025, o jogador iniciou um tratamento específico de fortalecimento devido a dores na lombar. De acordo com o Palmeiras, Zé segue um cronograma individualizado durante a primeira semana de pré-temporada, com acompanhamento do Núcleo de Saúde e Performance (NSP), ao lado de Piquerez e Bruno Rodrigues.
Em entrevista ao site oficial do clube em 2024, Zé Rafael comentou sobre o problema que o afetou por grande parte do ano, destacando que, apesar de ser difícil ficar de fora, o período fora dos gramados foi positivo. Ele teve a oportunidade de se preparar fisicamente, fortalecer a musculatura e tratar a dor crônica, o que lhe permitiu retornar em melhores condições.
Recentemente, Zé Rafael foi sondado por Santos e Fluminense, mas decidiu permanecer no Palmeiras, onde tem contrato até o final de 2026. Na temporada passada, o volante perdeu espaço, com Richard Ríos assumindo a titularidade no meio-campo de Abel Ferreira. Zé Rafael atuou em 37 jogos, o menor número desde sua chegada ao clube em 2019.
